Cluster of Excellence –
University of Freiburg

Modul "Biochemie - Proteomforschung und Biologische Massenspektrometrie"

Projektmodul (Wahlpflicht)

6. Semester B Sc Biologie, jedes Sommersemester

Modulverantwortliche: Prof. Bettina Warscheid, PD Gerald Radziwill

 

Dozent/innen

  • Bettina Warscheid
  • Gerald Radziwill

 

Vorlesung: Proteomik und Biologische Massenspektrometrie

Im Rahmen der Vorlesung werden den Studierenden Grundkenntnisse der modernen Proteomik und der Signaltransduktion vermittelt. Diese umfassen sowohl Techniken der Probenvorbereitung und spezifischen Anreicherung als auch Methoden der Protein- und Peptidtrennung in Kombination mit der biologischen Massenspektrometrie (MS). Die Studierenden erhalten Einblick in Proteomanalysen mit der MALDI- und ESI-MS mit anschließender Bioinformatik-gestützter Analyse der generierten Proteomdatensätze.

 

Übung: Peptidsequenzierung und Proteinidentifizierung

In gemeinsamen Übungen erlernen die Studierenden Techniken zur Interpretation von Peptid- und Protein-Massenspektren sowie zur de novo Sequenzierung von Peptiden.

 

Laborprojekt: Analyse des Proteoms humaner Krebszellen

Im Rahmen des Laborprojektes analysieren die Studierenden das lösliche Proteom einer humanen Krebszelllinie. Weiterhin wird die Primärsequenz von Peptiden sowie die Masse intakter Proteine massenspektrometrisch bestimmt.

Es werden insgesamt 4 Bachelorarbeiten in der Arbeitsgruppe "Funktionelle Proteomforschung" angeboten, eine davon ist im Bereich der Proteom-Bioinformatik angesiedelt. Thematische Schwerpunkte liegen in den Bereichen:

  • Membranproteomik an Mitochondrien und Peroxisomen
  • Quantitative Proteomanalyse von Muskelzellen
  • Proteomische Ansätze in der Tumorbiologie
  • Proteom-Bioinformatik

 

 

Lernziele

Vermittlung von Grundlagenwissen im Bereich der modernen Proteomforschung und Tumorbiologie mit Fokus auf Techniken und Methoden der Probenvorbereitung, Proteinanreicherung, Protein- und Peptidtrennung, biologischen Massenspektrometrie und der Bioinformatikgestützten Analyse von Proteomdaten.